Spoilers - 5 e 6

2.05
Um flashback no ano de 1983, mostra Jeff mais novo que acabou de ganhar Moto Industries Video Game após vencer um campeonato de um jogo chamado Missile Command.
Voltando ao presente, um virus esta se espalhando nos computadores Moto Industries. Chuck e Casey vão disfarçados de Nerd Herberns para descobrir o que esta acontecendo, então é a vez de Sarah tentar. De alguma forma uma loira linda que não sabe concertar computadores tem que obter acesso. Eles descobrem que terroristas roubaram um satelite inativo e estão planejando em ativa-lo e lançar misseis para começar uma guerra nuclear. O codigo para desativar o satélite pode ser encontrado no último level de Messile Command
Agora Chuck tem que encontrar alguma maneira de vencer o jogo na forma mais rapida possivel antes que o pior aconteça.

2.06
Voltamos no ano de 2003, e temos um novo membro do Buy More que tinha terminado um namoro recentemente.Após ser expulso da sua faculdade, Chuck volta para Stanford para dizer a sua namorado (Jill) que ainda a amava.Mas ela fala que esta tudo acabado, e que esta com Bryce.
De volta para o presente, Chuck recebe uma ligação para concertar alguns conputadores em uma conferência de sua ex namorada .Dr. Jill Roberts, a ex namorada de Chuck tornou uma cientista bem sucedida. Quando Jill esta prestes a dizer que se arrependeu pela escolha que vez a 5 anos atraz, seu chefe aparece e Chuck tem um flash sobre armas biológicas.Agora Chuck, Sarah, Casey tem que descobrir o que esta prestes a acontecer.Enquanto Chuck tenta obter informações de Jill, Sarah vai disfarçada de cientista australiana, e Casey tenta manter o plano.